Już następnego dnia po wkroczeniu Niemców do Jarosławia zaczęły się represje. Rozstrzelanych zostało sześciu jego mieszkańców ukrywających się w schronie przeciwlotniczym na terenie miejskiej rzeźni nad Sanem. Ich los podzielili też trzej jeńcy, żołnierze polscy. Zarządzeniem niemieckich władz wojskowych wyznaczono 47 "zakładników miasta i przedmieść Jarosławia", spośród znanych i szanowanych obywateli, w tym czternastu narodowości polskiej i trzynastu żydowskiej. Wśród nich znaleźli się między innymi: Burmistrz Miasta Stanisław Kostner, Wiceburmistrz Tadeusz Waydowicz, proboszcz jarosławski ks. Władysław Opaliński, gwardian OO. Reformatów i Przeor OO. Dominikanów, znani przedsiębiorcy: Antoni Dymnicki, Stanisław Gilowski, Kazimierz Kuźniarowski i Jan Pacak, aptekarz Stanisław Wojciechowski oraz dr Włodzimierz Giliciński. Zarządzenie jednoznacznie ostrzegało jaki los czeka zakładników w razie jakiegokolwiek ataku na okupanta. "Zaszedł godny potępienia wypadek, że niewyśledzony sprawca strzelił z ukrycia do jednego z niemieckich żołnierzy i ciężko go ranił, z tego powodu rozstrzelano trzech polskich żołnierzy z zagrożeniem, że jeżeli taki wypadek jeszcze będzie miał miejsce rozstrzelane zostanie dalszych 14 żołnierzy i burmistrz miasta, a cała dzielnica 3 Maja zostanie spalona". Dalej, podpisany pod zarządzeniem Burmistrz Miasta, (sam będący zakładnikiem) apelował: "Wzywam więc ludność naszego miasta by nie ważyła się na jakiekolwiek szaleńcze nieprzyjacielskie wystąpienie przeciwko Armii Niemieckiej, gdyż za wszelkie dalsze nieprzyjacielskie kroki wymienieni wyżej zakładnicy będą rozstrzelani a miasto zbombardowane. Również przestrzegam przed jakimkolwiek rabunkiem lub kradzieżą tak mienia Armii Niemieckiej jakoteż Armii Polskiej, gdyż przekroczenia te będą karane w trybie doraźnym". Umieszczonych w koszarach zakładników traktowano bardzo surowo. Odwiedziny były zabronione. Zezwolono jedynie na dostarczenie im żywności. W tym czasie ludność żydowską zmuszono do noszenia wyróżniających opasek. Zaczęły się rekwizycje zwierząt gospodarskich, oraz agitacja mająca na celu zdobycie przychylności mieszkańców miasta. Obwiniając polskie władze administracyjne Niemcy rozgłaszali: "Kraj taki bogaty, moglibyście się dobrze mieć".
17 września na ulicach miasta pojawiły się długie kolumny polskich jeńców, dla których na stadionie szkolnym przy ul. Piekarskiej urządzono obóz przejściowy. Z powodu niedożywienia i wielkiego wysiłku fizycznego byli oni w stanie zupełnego wyczerpania. Już podczas przemarszu przez miasto ludzie ze łzami w oczach podawali nieszczęśnikom, co kto miał do jedzenia. Natychmiast znalazła się grupa jarosławian która zorganizowała zbiórkę żywności. Dostarczanie jej odbywało się przez druty i parkany. Pomocą dla polskich jeńców przebywających w "oflagach" i "stalagach" zajmował się Polski Czerwony Krzyż, który organizował między innymi wysyłki do obozów paczek żywnościowych złożonych z prowiantów zbieranych wśród ludności miasta i okolicznych wiosek. Dużą aktywnością w niesieniu wszelkich form pomocy jeńcom, wysiedleńcom i innym potrzebującym wsparcia, wykazywała się Wiktoria Fechter - nauczycielka Szkoły Powszechnej im. Św. Kingi, córka nieżyjącego już wówczas dyrektora jarosławskiego szpitala.
Wydarzenia te opisał także zmarły niedawno Jan Nowak Jeziorański w wydanej w 1989 r. książce "Kurier z Warszawy". Wzięty do niemieckiej niewoli w okolicach Hrubieszowa znalazł się wśród jeńców zgromadzonych pod Tomaszowem Lubelskim. "Z kilkunastu a może kilkudziesięciu tysięcy jeńców uformowano olbrzymią kolumnę i skierowano ją pieszo do oddalonego o sto kilometrów Jarosławia. (...) Kolumna była tak długa, że na przodzie nie widać było jej końca. (...) W wioskach czekali przy drodze chłopi i wtykali nam w ręce co kto miał: jabłko, bób, kawałek chleba, papierosa, szklankę wody, parę upieczonych kartofli. (...) Po dwóch dniach tego marszu załadowano nas na ciężarówki. Dalszy ciąg drogi aż do Jarosławia odbywaliśmy więc samochodami. (...) Tymczasem w Jarosławiu załadowano nas do bydlęcych wagonów pociągu kilometrowej długości". Transport jeńców skierowano w kierunku Krakowa.
Wiadomości radiowe o pierwszych sukcesach na froncie północnym i wypowiedzeniu Niemcom wojny przez aliantów oraz odgłosy armatnie i łuny widoczne na wschodnim widnokręgu napawały mieszkańców Jarosławia nadzieją, że dopóki toczy się bój, dopóty istnieje szansa na zwycięstwo. Jednak coraz częściej wracający pod osłoną nocy żołnierze z rozbitych polskich oddziałów przynosili smutne wiadomości o klęskach, śmierci i niewoli swych towarzyszy broni.
W dalszym ciągu jednak wiele faktów wojennych interpretowano z optymizmem. Dopiero po zdradzieckim napadzie Armii Czerwonej na wschodnie ziemie polskie w dniu 17 września złamał się duch bojowy wśród walczących jeszcze żołnierzy. Nastąpiło też zwątpienie wśród ludności cywilnej. W niedługim czasie ustanowiona została granica na Sanie, w wyniku czego dzielnica Garbarze znalazła się po stronie radzieckiej, a pozostała część miasta po stronie niemieckiej.
Po krótkim okresie załamania nadeszły jednak pocieszające wiadomości o tworzącym się we Francji nowym Polskim Rządzie i Polskiej Armii. Optymistyczne wiadomości mobilizowały młodzież, która masowo zaczęła przekraczać południową granicę. Stały się też pierwszym impulsem do dzia-łalności konspiracyjnej. Również w rejonie Jarosławia organizowano przerzuty przez San. Niemal w każdej plebanii oraz w wielu zagrodach chłopskich i dworach organizowano zakonspirowane kryjówki, w których nocą przyjmowano i odprawiano "podróżnych".
W pierwszym okresie okupacji życie w mieście toczyło się na pozór prawie normalnie. Czynne były sklepy i hala targowa, na której panował duży ruch. Niemcy zezwoli na otwarcie szkół powszechnych oraz średnich. Reaktywowano władze administracyjne. Tu i ówdzie dało się nawet słyszeć, że "Niemcy to dobrzy gospodarze więc nie będzie tak źle". Mieszkańcy miasta żyli w przekonaniu, że wynikające z okupacji trudności są chwilowe, i niedługo wszystko wróci do przedwojennej normy. Wkrótce zaczęły się jednak poważne kłopoty związane z brakiem żywności, opału i odzieży. Do głosu doszły działające przy Werhmachcie - składające się z policji i służb bezpieczeństwa - oddziały zwane Einsatzkomando. Nastąpiły pierwsze aresztowania wśród działaczy politycznych, społecznych i inteligencji. 20 października 1939 r. aresztowany został między innymi Wincenty Witos. Jako, że w chwili zatrzymania znajdował się on w zbombardowanym pociągu na terenie powiatu jarosławskiego, osadzony został na pewien czas w areszcie w Jarosławiu. Później został przewieziony do rzeszowskiego zamku. Po tym wydarzeniu aresztowano również kilku dyrektorów zamkniętych już wówczas jarosławskich szkół średnich. W nocy z 27 na 28 listopada w kierunku Sieniawy wywieziono ks. prałata Opalińskiego i naczelnego rabina jarosławskiego.
Tam zmuszono ich do przekroczenia Sanu stanowiącego wówczas granicę z ZSRR. Niemcy sądzili, że przekraczający rzekę wpław pogrążą się w jej nurtach. Jednak z powodu długotrwałej suszy woda nie była zbyt głęboka i wygnańcy szczęśliwie dobrnęli do przeciwległego brzegu. Zawiedzeni oprawcy otworzyli do nich ogień z pistoletów, jednak i tym razem niedoszłym ofiarom dopisało szczęście.
26 października 1939 r. proklamowane zostało Generalne Gubernatorstwo, nad bezpieczeństwem którego czuwały oddziały SS. Sieć służby bezpieczeństwa obejmowała wszystkie placówki administracyjne. Przy starostwach stacjonowały odziały Gestapo. Jarosław wytypowany został na na siedzibę starostwa z obszarem obejmującym dawny powiat jarosławski, przeworski, łańcucki i niżański. W skład jarosławskiego oddziału gestapo weszli miejscowi Niemcy, między innymi osławiony później Franciszek Schmidt oraz Klarenbach i Rosenkranz, u którego zainstalowana została radiostacja nadawcza. Przed wkroczeniem Niemców do miasta, Schmidt i Rosenkranz aresztowani byli przez władze polskie pod zarzutem szpiegostwa. Ponieważ nie doszło do wydania wyroku, 9 września 1939 r. wypuszczeni zostali z magistratu przez woźnego. Jako gestapowcy znający dobrze język polski brali oni udział w przesłuchaniach. Gestapowcem został także mający jarosławski rodowód niejaki Pawliszyn, zwerbowany przez Abwehrę ukraiński nacjonalista ożeniony z Niemką. Nie brał on jednak udziału w przesłuchaniach, lecz sporządzał listy do obozów zagłady. Warto podkreślić, że mieszkający przez dłuższy czas w Jarosławiu F. Schmidt był oficerem rezerwy i członkiem miejscowego "Strzelca".
Stosunek władz niemieckich do Polaków był bardzo wrogi. Narażona na aresztowania i wywózki ludność polska, w tym szczególnie inteligencja, została odsunięta od wszystkich ważniejszych stanowisk. Młodzi w wieku od 18 do 40 lat nie mający stałego zajęcia, wywożeni byli na przymusowe roboty do Niemiec lub do obozów koncentracyjnych. W jeszcze gorszym położeniu znalazła się ludność żydowska. Wielu z nich korzystając z bliskości granicy sowieckiej przeszło na drugą stronę Sanu. Kto nie przeszedł dobrowolnie, wkrótce został do tego zmuszony. Wcześniej pozbawieni zostali przez Niemców posiadanych kosztowności i innego dobytku. Wspomina o tym Tadeusz Bendzera ps. "Zbrucz": "Dowiedziałem się (...), że do Jaworowa ściągnęli niemal wszyscy Żydzi z Jarosławia, wyrzuceni przez Niemców 5 lub 7 października. Razem z kolegą poszliśmy na Rynek aby dowiedzieć się od Żydów, jak przedstawia się sytuacja w Jarosławiu. Okazało się, że Polakom Niemcy nic nie robili, natomiast Żydów wyprowadzili na ulicę i dali 15 minut na spakowanie się i wyjechanie za sowiecką granicę. Władze sowieckie wyjednały jednak u Niemców prawo powrotu Żydów do swoich domów z furmankami celem zabrania mebli i części pozostawionego dobytku. W związku z tym do Jarosławia ciągnęła masa furmanek". Prawo powrotu uzyskał tylko jeden członek z każdej żydowskiej rodziny. Mogli oni zabrać z powrotem tylko tyle dobytku, ile byli w stanie unieść.
Po stronie sowieckiej Polacy też nie mieli lekko. Zaczęły się aresztowania i wywózki wgłąb Rosji. Los całego narodu, w tym również mieszkańców Jarosławia i powiatu jarosławskiego został poważnie zagrożony. Niespodziewanie od 13 października otwarta została granica na Sanie dla ruchu osobowego. Korzystając z tego do miasta zaczęli powracać jarosławscy uciekinierzy. Na żydowskiej furmance powrócił także T. Bendzera, który tak oto wspomina ten dzień "W południe Niemcy zaczęli przepuszczać ludzi przez graniczny most. W kolejce spotkałem masę wracających do domów znajomych, a wśród nich jarosławskiego burmistrza dr Siarę, aptekarza Wojciechowskiego, inż. Broniewskiego, dyrektora Państwowej Szkoły Budownictwa, prof. inż. Robakowskiego i wielu innych. Niemcy skrupulatnie sprawdzali dokumenty i przepuszczali wszystkich pochodzących z zachodniej strony. Tych którzy mieli dowody osobiste wystawione po stronie wschodniej zawracano". Próby nielegalnego przekraczania Sanu często kończyły się śmiercią od kul sowietów.
Osobowy ruch graniczny szybko został jednak zniesiony, gdyż już 23 listopada 1939 r. ukazało się ogłoszenie wydane przez niemieckiego komisarza miasta Scholmanna w sprawie zamknięcia granicy niemiecko - rosyjskiej: "Granica między obszarem polskim, zajętym przez Wojska niemieckie, a obszarem zajętym przez Wojska rosyjskie pozostaje zamknięta do odwołania. Zatem gromadzenie się ludności w miejscowościach nadgranicznych jest wzbroniona. Osoby, które nie zastosują się do powyższego zarządzenia, zostaną przymusowo na koszt własny odstawione do swego miejsca zamieszkania i surowo ukarane. Zamknięcie granicy nie dotyczy wymiany polskich jeńców wojennych".
W mieście pojawili się volksdeutsche, którzy zaczęli rozdysponowywać majątki pożydowskie. Polacy z reguły odmawiali zajmowania opuszczonego mienia. Znaleźli się jednak i tacy którzy za bezcen nabyli pożydowskie sklepy i zakłady, bogacąc się w krótkim czasie. Niektórzy podczas okupacji pobudowali nawet kamienice.
W takich okolicznościach rozpoczęły się pierwsze działania konspiracyjne. Na terenie obwodu jarosławskiego zapoczątkowane zostały one już w listopadzie 1939 r. przez kpt. Jana Gołdasza ps. "Szczyt", "Janusz" z 24 jarosławskiego PAL. Uniknąwszy niewoli podczas działań wojennych kpt. Gołdasz nie wykonał rozkazu okupanta nakazującego, pod karą śmierci, rejestrowanie się w niemieckich urzędach. Powrócił do rodzinnych Żurawiczek koło Przeworska, gdzie wkrótce otrzymał polecenie zgłoszenia się w Warszawie. Został tam zobowiązany do założenia i prowadzenia tajnej organizacji wojskowej pod nazwą "Służba Zwycięstwu Polski" (SZP). W myśl instrukcji wydanej 4 grudnia 1939 r. przez działający przy rządzie emigracyjnym Komitet Ministrów dla Spraw Kraju, organizacja ta weszła w skład "Związku Walki Zbrojnej" (ZWZ), któremu podporządkować się miały wszystkie samorzutnie do tej pory powstające na terenie kraju organizacje zbrojne. Celem ZWZ było między innymi ponadpartyjne skupienie Polaków pragnących walczyć z okupantem. Komendantem organizacji na tereny okupowane przez Sowietów wyznaczony został gen. Michał Tokarzewski, a na tereny okupowane przez Niemców płk. Stefan Rowecki ps. "Rakoń", później "Grot". Zgodnie z rozkazem Naczelnego Wodza z końcem 1939 r. płk Rowecki przejął komendanturę nad całą organizacją. Na początku 1940 r. udający się do Lwowa gen. Tokarzewski przybył na zapowiedziany kontakt do Jarosławia. Ponieważ z powodu choroby w spotkaniu nie mógł uczestniczyć kpt. Gołdasz, kontakt podjął jego zastępca kpt. W. Rutkowski ps. "Rawicz", który w tych okolicznościach został mianowany Komendantem Obwodu Jarosław. Kpt. Gołdasz został jego zastępcą. Ostatnim ogniwem dowodzenia ZWZ, a później AK była placówka. Najlepiej zorganizowanymi w Obwodzie jarosławskim była placówka nr 1 Jarosław i placówka nr 8 Pruchnik. (cdn.)