W czerwcu 1940 roku Niemcy zajęli obiekty byłego Opactwa Benedyktynek, urządzając w kościele skład siana i stajnię dla koni, a w budynku poklasztornym magazyny wojskowe. Później w murach klasztornych urządzono obóz przejściowy, który przetrwał do 1942r. oraz areszt gestapo, gdzie osadzano głównie więźniów politycznych. Stąd po przesłuchaniach wywożono ich do obozów zagłady, między innymi w lipcu 1943 r. duży transport wyruszył do obozu w Dachau.
Wysokie wieże klasztorne Niemcy wykorzystywali jako punkty obserwacyjne, prowadząc z nich bezpośredni podgląd okupowanych przez sowietów terenów po drugiej stronie Sanu. W połowie 1940 r. uaktywnili się, cieszący się przychylnością Niemców, ukraińscy nacjonaliści. W miejscowej cerkwi odbyło się nabożeństwo manifestacyjne. Nie mający pozwolenia na pochód uczestnicy uroczystości małymi grupkami udali się na cmentarz. Tam zakopano niesione przez ucharakteryzowane odpowiednio osoby, emblematy i symbole obrazujące Ukrainę ciemiężoną przez Polskę. Wyprawa skończyła się dla jej uczestników niefortunnie. Któryś z manifestantów w czasie przemarszu popadł w konflikt z Niemcami i został aresztowany. Kajdany zaś musiano odkopać.
22 czerwca 1941 r. nastąpił atak Niemców na ZSRR. Hitlerowcy spokojnie przekroczyli San. W rejonie Jarosławia jedyny niewielki opór napotkali w Szówsku, gdzie znajdował się radziecki sztab pograniczny. Przy ul. Grunwaldzkiej wywieszono mapę, na której przy pomocy chorągiewek ze swastyką oznaczano codziennie aktualną linię frontu. Tempo przesuwania się frontu było bardzo wysokie od ok. 30. do 60. km na dobę. Radujący się z tego powodu Niemcy malowali na ścianach domów litery "V". Po przekroczeniu granicy na Sanie, Niemcy w pośpiechu budowali obozy jenieckie w Pełkiniach i Wólce Pełkińskiej. Z Jarosławia pobrano tłumaczy i podwody. O godz. 12.00 ruszył pierwszy transport jeńców radzieckich, w stosunku do których nie przestrzegano żadnych praw. Słabnących na drodze bezlitośnie dobijano. Jeńców przywożono też w wagonach bydlęcych, z których po wyładowaniu żywych wyciągano wiele trupów. Polacy kładący na drodze przed kolumnami maszerujących chleb i wodę, wprawiali Niemców we wściekłość. Ubrani w letnie ubrania, nie posiadając menażek ani innych naczyń mogących je zastąpić, nieszczęśnicy Ci bardzo cierpieli z chłodu i głodu. Jarosławskie nauczycielki zorganizowały akcję wśród miejscowych dzieci polegającą na zbieraniu i czyszczeniu puszek po konserwach. Dostarczane jeńcom przy milczącej zgodzie kierownictwa obozów, służyły za menażki. Wśród obozowiczów znajdowało się wielu Polaków. Dzięki działaniom Komitetu Opiekuńczego w Jarosławiu wielu z nich, pochodzących z Generalnej Guberni udało się zwolnić z obozu. Okazją dla niesienia pomocy jeńcom radzieckim stał się tymczasowy szpital ulokowany w jednej z kamienic w Rynku. Byli oni tam dożywiani, a kilku z nich udało się nawet uwolnić.
Prowadzono także działalność dywersyjną. W warsztacie Wysockiego przy ul. Lubelskiej Niemcy urządzili punkt naprawy samochodów wojskowych. Syn właściciela, członek AK Marian Wysocki prowadził w nim sabotaż na dużą skalę. Tak się w tym wyspecjalizował, że żaden niemiecki samochód nie wyjechał z warsztatu bez uszkodzenia. Wady były dobrze ukryte, więc sprawa wydała się dopiero po upływie dłuższego czasu. Marianowi udało się zbiec i schronić w Domu Sierot, skąd w przebraniu zakonnicy w towarzystwie siostry zakonnej, szczęśliwie opuścił Jarosław.
Najgorzej przedstawiała się sytuacja Żydów. Zgrupowani początkowo w Jarosławiu wykorzystywani byli do robót porządkowych. Obiecując zwolnienie, Niemcy wyłudzali od nich kosztowności. Kiedy te się wyczerpywały, nieszczęśników transportowano do getta w Sieniawie lub innych okolicznych miejscowości, gdzie byli masowo mordowani. W obliczu bestialskich działań okupanta ulegli, załamywali się i tracili nadzieję. Na propozycję działających w podziemiu Polaków, aby przynajmniej młodzi Żydzi ukryli się w lesie gdzie otrzymają pomoc żywnościową i broń, pruchnicki rabin odpowiedział "Jeżeli Bóg chce, abyśmy zginęli, to zginiemy". Los ten spotkał wielu z nich na terenie dawnego Opactwa Benedyktynek. Klasztor otoczony był wysokimi murami, w związku z tym w jego północno - wschodnim narożniku urządzone zostało miejsce straceń, do którego przywożono ofiary z całej okolicy. Świadkowie tych wydarzeń wspominają o przymusie kopania pod murem długich i głębokich rowów po kilka razy w tygodniu. W tym czasie do klasztoru doprowadzano wielu Żydów. W godzinach popołudniowych na jego teren przychodziło kilku gestapowców, najczęściej z F. Schmidtem na czele. Nad przygotowanymi dołami dokonywali oni zbiorowych egzekucji. Naoczni świadkowie oceniają, że w miejscu tym rozstrzelanych zostało kilka tysięcy osób. Więzienie zostało zlikwidowane 13 listopada 1943 r. Dla zatarcia śladów, na wiosnę 1943 r. zwłoki pomordowanych zostały wydobyte, wywiezione do pobliskiego Koniaczowa i tam spalone.
Oprócz spraw wojskowych w okupowanym Jarosławiu organizowano szkolnictwo. Wybuch wojny uniemożliwił młodzieży ormalną naukę w mającym się rozpocząć nowym roku szkolnym. Szkoły zostały zamknięte. Nauka została wznowiona dopiero 23 października, po ogłoszeniu specjalnej odezwy w tej sprawie przez Komisarza miasta Schleimana. Początkowo zajęcia odbywały się we wszystkich typach szkół. Zgodnie z zarządzeniem komisarza część z nich została połączona, a opróżnione budynki szkolne przeznaczone zostały na potrzeby okupanta. Gimnazjum I i II ulokowano wspólnie w dotychczasowym budynku Gimnazjum II przy ul. Św. Ducha. Szkoła Budowlana, Gimnazjum Handlowe i prywatne Gimnazjum żeńskie rozpoczęły naukę w pomieszczeniach własnych. Stan ten trwał jednak tylko dwa tygodnie. Na początku listopada Niemcy zlikwidowali gimnazja, pozostawiając jedynie szkoły powszechne i zawodowe z ograniczonym programem nauczania, dostosowanym do potrzeb niemieckiej gospodarki. Zabroniono nauczania historii, geografii i języka polskiego. Dla uniknięcia niewolniczej pracy przymusowej większość uczniów szkół średnich podjęła oficjalnie naukę w szkołach zawodowych. Równocześnie z inicjatywy nauczycieli oraz uczniów i ich rodziców powstały komplety tajnego nauczania, które zaczęto organizować pod koniec 1940 r. Mające w pierwszym okresie charakter żywiołowy, od 1stycznia 1941 r. przybrało ono charakter zorganizowany. Powołane zostały między innymi tajne okręgowe biura szkolne oraz powiatowe komisje oświaty i kultury. Tajnym nauczaniem na terenie Jarosławia i powiatu kierowała Powiatowa Komisja Oświaty i Kultury. Organizowała ona między innymi programy nauczania, przeprowadzanie egzaminów, sprawozdawczość i wynagrodzenia dla nauczycieli. Starsza młodzież w tym czasie pracowała na niższych posadach urzędniczych i handlowych, głównie jednak fizycznie w fabrykach i zakładach rzemieślniczych, a także sezonowo za żywność w majątkach i gospodarstwach rolnych. Wyróżniający się uczniowie klas starszych pomagali przepracowanym nauczycielom dając lekcje uczniom młodszym. Uczono się z przechowywanych podręczników przedwojennych oraz zachowanych u osób prywatnych wszelkich książek naukowych. Komisyjne egzaminy z ukończenia gimnazjum lub liceum odbywały się w różnych domach prywatnych, początkowo także u Sióstr Niepokalanek. Działalność ta prowadzona była w atmosferze stałego zagrożenia dekonspiracją (zdarzały się też donosy) i surowych represji. Mimo to zarówno nauczyciele jak i uczniowie traktowali naukę z ogromną obowiązkowością i zapałem. Dość wspomnieć, że pierwszy tajny komplet Niemcy odkryli już w 1940 r., a nauczyciele zostali aresztowani. Podobna sytuacja miała miejsce u Sióstr Niepokalanek, gdzie tajne nauczanie prowadzone było przez cały okres okupacji. Wspomina o tym mieszkająca obecnie w Poznaniu Danuta Ratajczak "Rano w klasztorze działała szkoła gospodarcza, więc na zajęcia chodziłyśmy po południu, trzy razy w tygodniu. Byłyśmy pouczone, jak mamy uciekać w razie niebezpieczeństwa przez klauzurę do podziemia i dalej przez folwark na ulicę. Zajęcia odbywały się albo w sali lekcyjnej przy stolikach ustawionych w półkole, albo też w refektarzu przy długim stole. Naukę traktowałyśmy poważnie, a nauczycielki nam nie pobłażały. (...) Na szczęście z podręcznikami i lekturami nie było kłopotów, biblioteka klasztorna była znakomicie zaopatrzona. Oprócz naszego kompletu Siostry uczyły także młodszą młodzież, głównie z domów ziemiańskich, która mieszkała w internacie. Nasza spokojna nauka nie trwała długo. Pod koniec lutego Kreisschulrat Józef Lorenz w towarzystwie kogoś ze swoich urzędników niespodziewanie odwiedził klasztor, w którym zastał uczennice nie figurujące w spisach szkoły gospodarczej i znalazł zakazane książki. Nas przy tym nie było. Lorenz nie był polakożercą, ale wiedział, co należy do jego obowiązków, szczególnie gdy miał świadka zdarzenia. Gmach klasztorny zamieniono na szpital, część Sióstr usunięto, pozostałe na miejscu spełniały najniższe funkcje służebne. Przed ostateczną przeprowadzką do oficyny klasztoru oo. Dominikanów Siostry rozdały nam część księgozbioru na przechowanie, a część zamurowały przy pomocy zaufanego pracownika w im tylko znanych schowkach tego ogromnego gmachu".
Tajne nauczanie odegrało doniosłą rolę jako jedna z form przeciwstawiania się planom unicestwienia polskiego narodu. Piękną kartę na polu tej formy walki z okupantem zapisali również jarosławscy nauczyciele, uczniowie i ich rodzice. (cdn.)
